Pusat Pembangunan Penyelidikan telah ditubuhkan pada 1 Januari 2002 (ditubuhkan dengan nama Pusat Penyelidikan dan Pembangunan Akademik–PPPA).  Ketika itu objektif penubuhan PPP adalah untuk pembangunan di KUIS. Berikut adalah antara fungsi dan gerak kerja yang dilakukan oleh PPP bermula dari 2002 hingga 2008:

a) Gerak Kerja Penubuhan Fakulti Sains Kejururawatan & Kesihatan Sekutu (FSKKS)
b) Dokumen menaik taraf KISDAR kepada Kolej Universiti (KUIS)
c) Gerak Kerja Penubuhan Pusat Pengajian Siswazah (PPS)
d) Dokumen menaik taraf KUIS kepada Universiti Penuh
e) Menjalin jaringan kerjasama Akademik antara KUIS dengan IPT timur tengah.

Bermula tahun 2009, PPP mula menumpukan kepada pengurusan penyelidikan di KUIS. Dalam usaha untuk menggiatkan dan menyemarakkan budaya penyelidikan dan penerbitan di kalangan pensyarah, PPP telah menganjurkan beberapa siri latihan dalam bidang berkaitan khususnya kepada kakitangan adademik KUIS dengan menjemput panel-panel dan tokoh akademik berpengalaman daripada IPTA untuk berkongsi ilmu dan seterusnya memandu arah bagi menjamin kualiti penyelidikan KUIS diteruskan.

Pada awal tahun 2010, Dr. Abdul  Rahman Bin Abdul Ghani telah dilantik sebagai Pengarah untuk menerajui PPP dan pada November 2010, Ustaz Daud Lin Abdullah telah dilantik sebagai Timbalan Pengarah PPP. Dengan perlantikan ini, kakitangan PPP terdiri dari 4 orang iaitu, Pengarah, Timbalan Pengarah, Penolong Pendaftar dan Pembantu Tadbir. Pengurusan PPP juga telah berubah di mana pada bulan November 2010, ianya diletakkan secara rasmi dibawah Rektor KUIS. Walaubagaimanapun, legasi penyelidikan tetap diteruskan bagi memantapkan lagi fungsi PPP sebagai pusat penyelidikan yang menjurus kearah matlamat mencapai Insan Tahdhib yang dapat member manfaat dan faedah kepada Insan lain melalui penyelidikan dan kajian yang dilakukan agar mencapai keredhaan Allah.